EN
chi-biotech 简化基因组测序


 

2b-RAD是2012年wang等推出基于II B型限制性内切酶的大规模SNP标记开发和分型的技术(Nature Methods(Wang et al, 2012))。该技术克服了RAD-Seq、GBS等技术的缺点,通过基因组酶切产生等长的33-36bp的酶切标签,标签富集后测序分析,实现全基因组范围高通量SNP筛查和分型分析。


技术特点


1、具有极强的灵活性,标签数目多少可控

2、标签长度一致,PCR时具有一致的扩增效率

3、标签具有位置特异性,不依赖于参考序列和组装结果

4、除可利用共显性标记SNP之外,还可以利用显性标记

5、基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型新算法(iML),可有效去除重复序列对分型的干扰,

分型准确率明显优于目前已有算法,假阳性降低高达20%


技术流程



生物信息分析内容



基础信息分析

1、数据预处理

2、高质量标签获取

3、标签聚类 

4、基于iML算法的SNP分型

5、标记分离分析

6、遗传图谱构建

定制信息分析内容

1、QTL定位(需客户提供表型数据)

2、遗传图谱整合(需客户提供原图谱数据)

3、全基因组关联分析



应用方向


1高密度遗传图谱及QTL精细定位

2、群体遗传学研究

3、群体进化分析

4、全基因组关联分析


技术参数


样本类型:基因组DNA,样本总量≥1 μg, 样本浓度≥200 ng/μL

基因组标签平均密度:2kb

标签平均深度:≥20X

分型准确率:≥95%

测序策略:HiSeq PE150

项目周期:60个工作日



备注:

物种:待测样品为二倍体生物,对于多倍体物种暂不适用

样品背景:明确的作图群体间的亲缘关系,检测子代个体数≥100