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chi-biotech 细菌denovo测序


  细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同,最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品,最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果,可预测细菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。


       根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,细菌基因组测序提供以下两种产品类型:细菌框架图、细菌完成图。



技术路线




技术参数



细菌框架图

细菌完成图

样本类型

基因组DNA

基因组DNA

总量、浓度要求

m≥2 μg,c≥50 ng/μL

m≥30 μg,c≥100 ng/μL

测序平台

HiSeq PE150

PacBio为主,与HiSeq等其他平台结合

测序策略

≥200X

小片段文库(350bp)≥100X

大片段文库(10K)≥100X

建库策略

小片段文库(350bp)

小片段文库(350bp)+大片段文库(10K)

指标

初级组装

1 contig,0 gap

项目周期

30个工作日

60个工作日




生物信息分析内容



1、数据质控
2、Denovo组装
3、基因组组分分析(基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体)
4、基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
5、致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy)
6、比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)