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chi-biotech 真菌denovo测序


  真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品,由于基因组较大且比较复杂,推荐先对真菌样品进行初级组装,再根据初级组装的结果进行高级组装,以提高组装质量。根据组装结果,可预测真菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。


       根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,真菌基因组测序提供以下两种产品类型:真菌框架图、真菌精细图。


技术路线

技术参数


真菌框架图

真菌精细图

样本类型

基因组DNA

基因组DNA

总量、浓度要求

m≥2 μg,c≥50 ng/μL

m≥30 μg,c≥100 ng/μL

测序平台

HiSeq PE150

PacBio为主,与HiSeq等其他平台结合

测序策略

≥100X

小片段文库(350bp)≥100X

大片段文库(10K)≥100X

建库策略

小片段文库(350bp)

小片段文库(350bp)+大片段文库(10K)

指标

初级组装

简单基因组,Scaffold N50≥500K

复杂基因组,Scaffold N50≥300K

项目周期

30个工作日

60个工作日




生物信息分析内容



1、数据质控

2、Denovo组装

3、基因组组分分析(基因预测、重复序列、非编码RNA)
4、基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
5、致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy)
6、比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)