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chi-biotech 细菌/真菌重测序

  


  


  细菌/真菌基因组重测序主要是针对有参考基因组的物种进行测序,用于检测基因序列间的位点差异和结构变异,即检测发现单核苷酸多态性位点( SNP)、插入( Insertion)、缺失( Deletion)等变异类型。




技术路线




技术参数



样本类型:基因组DNA,样本总量≥2 μg,样本浓度:≥50 ng/μL
测序策略:HiSeq PE150,推荐测序深度:100X
项目周期:30个工作日



生物信息分析内容



细菌重测序

真菌重测序

1. 数据质控

2. 初级组装

3. 与参考基因组比对

4. SNP、Indel、SV检测及注释

5. 物种进化分析(系统发育树、Ka/Ks分析)


1. 数据质控

2. 与参考基因组比对

3. SNP、Indel、SV检测及注释

4. 物种进化分析(系统发育树、Ka/Ks分析)