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chi-biotech 宏基因组测序

  宏基因组学 (metagenomics) 是一种以特定环境样品中的微生物群体基因组为研究对象。通过对环境样品中的total DNA进行高通量测序,用以研究微生物多样性、种群结构、进化关系、基因功能等。 



技术路线 


基因组DNA,样本总量≥3 μg,样本浓度:≥50 ng/μL
测序策略:HiSeq PE150,推荐测序数据量:5G clean data
项目周期:45-60个工作日



生物信息分析内容


1、数据质控
2、序列组装
3、基因预测及非冗余基因集构建
4、非冗余基因集功能注释(Nr注释、COG功能注释、KEGG代谢通路注释等)
5、基于SSU序列或直接基于reads binning物种分类统计
6、基于非冗余基因集或者直接基于reads binning功能构成分类统计
7、基于多样本物种组成多样性分析(Alpha多样性分析、Beta多样性分析以及LEfSe分析等)
8、优势物种的基因组独立分析