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chi-biotech 全基因组甲基化测序


  DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5-甲基化胞嘧啶的过程。全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种进行全基因组水平的甲基化研究。


       DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在基因表达调控中具有重要的作用。DNA的甲基化状态对染色体的结构维持、X染色体失活、基因印记以及胚胎发育、正常细胞功能维持,乃至疾病、癌症发生都是十分重要的。 


实验流程


技术参数


样本类型:基因组DNA,样本总量≥5 μg,样本浓度≥100 ng/μL
测序策略:HiSeq PE150,推荐测序深度:30X
项目周期:50个工作日


生物信息分析内容


1、数据质控
2、与参考序列比对
3、C位点覆盖度统计、比对率统计、测序深度统计
4、甲基化分析
4.1 甲基化水平统计
4.2 全基因组甲基化水平统计
4.3 染色体水平甲基化密度分布
4.4 不同基因组功能元件甲基化分布统计
4.5 CpG,CHG,CHH甲基化比例统计
5、差异甲基化区域分析
5.1 DMR相关基因功能注释
5.2 DMR相关基因富集分析