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ChIP-seq ChIP-seq


  染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。


       ChIP-Seq首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建,然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。




实验流程




技术参数


样本类型:已ChIP富集的DNA样品,样本总量≥50 ng,样本浓度≥10 ng/μL
测序策略:HiSeq SE50,推荐测序数据量:≥10M clean reads(转录因子),≥20 M clean reads(组蛋白)
项目周期:35个工作日

生物信息分析内容


1、数据质控
2、与参考序列比对
3、单样本分析
3.1 Motif分析
3.2 Peaks注释与概况
3.3 Peaks相关基因功能富集分析
4、多样本分析
4.1 Motif分析
4.2 Peaks注释与概况
4.3 Peaks相关基因功能富集分析
4.4 差异Peak分析
4.5 差异Peaks相关基因注释与功能富集分析
4.6 SCC分析